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本课程起止时间为:2020-02-22到2020-06-30
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【作业】第7章 核酸序列的引物设计-过量表达引物的设计和软件的使用 第8次作业

1、 问题:根据你在第一次作业找到的mRNA序列,设计一对引物,用于扩该mRNA的编码序列(CDS)。(要求巢式引物,按照引物的标准格式书写);并引入限制性酶切位点,使扩增产物可装载到pBI121或pBI121-GYF载体上,替换原有的 GUS 基因编码序列,获得该基因的过量表达载体。要求:(1)设计的引物符合引物设计的一般要求,长度20-22bp,TM值50-60°,GC含量40-60%; (2)内侧引物需要加保护碱基; (3)结果按照7.5.2 文档中的引物格式书写,并粘贴mRNA序列的酶切位点分析截图、Sequencher4.7检测引物的截图结果进行上传。
评分规则: 【 1. 成功设计引物序列4分(其中外侧引物3分,内侧引物3分);2. mRNA序列的酶切位点分析截图2分;3. Sequencher4.7的序列比对结果截图2分

第1章 绪论 单元测验

1、 问题:总的来说,位于染色体内超过_个碱基的DNA, 构成了人类基因组。
选项:
A:30000000
B:300000000
C:30000000000
D:3000000000
答案: 【3000000000

2、 问题:人类镰刀型红细胞贫血症是由于血红蛋白β链N端的第6个由谷氨酸突变为_造成的。
选项:
A:苏氨酸
B:赖氨酸
C:谷氨酸
D:缬氨酸
答案: 【缬氨酸

3、 问题:生物信息学是有由__、__、______等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。
选项:
A:应用数学
B:生物学
C:计算机科学
D:高等数学
答案: 【应用数学;
生物学;
计算机科学

4、 问题:生物信息学通过对生物学实验数据的获取、__、_、、和__,进而达到揭示实验数据所蕴含的生物学意义的目的、
选项:
A:加工
B:存储
C:分析
D:检索
答案: 【加工;
存储;
分析;
检索

5、 问题:人类基因组计划于__年启动,于2003年完成。
答案: 【1990

【作业】第1章 绪论 名词解释

1、 问题:翻译并解释下列中英文名词:(1)基因组; (2)Transcriptome; (3)Proteome; (4)Interactome; (5)定位组; (6)Foldome; (7)代谢组; (8)Phenome.
评分规则: 【 答对一个得1分

第2章 生物分子数据库 单元测验

1、 问题:RefSeq数据库是由哪个组织开发和维护的?
选项:
A:NCBI
B:EMBL
C:NIG
D:SIB
答案: 【NCBI

2、 问题:Long non-coding RNA长链非编码RNA是长度大于 个核苷酸的非编码RNA。
选项:
A:300
B:250
C:200
D:150
答案: 【200

3、 问题:对Swiss-Prot数据库和TrEMBL数据库描述正确的有:
选项:
A:TrEMBL数据量多,Swiss-Prot数据量少
B:TrEMBL是自动完成的注释,Swiss-Port是人工完成的注释
C:Swiss-Port和TrEMBL同属于UniProtKB数据库
D:Swiss-Prot序列可靠性高,而TrEMBL数据库可靠性差
答案: 【TrEMBL数据量多,Swiss-Prot数据量少;
TrEMBL是自动完成的注释,Swiss-Port是人工完成的注释;
Swiss-Port和TrEMBL同属于UniProtKB数据库;
Swiss-Prot序列可靠性高,而TrEMBL数据库可靠性差

4、 问题:以下哪些是一级数据库?
选项:
A:PDB
B:SCOP
C:KEGG
D:Swiss-Prot
答案: 【PDB;
Swiss-Prot

5、 问题:以下哪些是蛋白质二级数据库?
选项:
A:CATH
B:Pfam
C:PIR
D:UniProtKB
答案: 【CATH;
Pfam

6、 问题:INSDC是由美国的 、欧洲 和日本 三大核酸序列数据库组成。
选项:
A:GenBank
B:CNGB
C:ENA
D:DDBJ
答案: 【GenBank;
ENA;
DDBJ

7、 问题:PDB数据库除包含蛋白质结构外还包含核酸分子及蛋白质核酸复合物结构数据。
选项:
A:正确
B:错误
答案: 【正确

8、 问题:在已完成测序的基因组中,病毒基因组数目最多。
选项:
A:正确
B:错误
答案: 【错误
分析:【在已完成测序的基因组中,原核生物数目最多,而不是病毒。

9、 问题:microRNA长度约 个核苷酸。
答案: 【22

10、 问题:NCBI中提供全文下载的数据库为 。
答案: 【PMC

【作业】第2章 生物分子数据库 作业1:mRNA序列的下载

1、 问题:《生物信息学》是一门理论性和实践性都很强的课程。为了更好地提升学习者的生物信息学分析技能,本课程共布置6次作业。希望每位学习者自开课之初都选择唯一的一条核酸序列(不能选择课程演示中的序列)进行全程分析,要求该序列为具有完整编码区(CDS)的mRNA序列,含有5′-UTR、CDS及3′-UTR。每人1题分析自己选择的核酸序列,如提交的作业分析的序列与自己选择的序列不相符合,该次作业按0分处理。请选择好序列后,在讨论区接龙提交个人信息及待分析的核酸序列的序列号。然后再分别下载该序列的GenBank和Fasta格式文档,并截图后上传。
评分规则: 【 核实序列的分子类型是mRNA分子
核实序列具有5′-UTR、CDS和3′-UTR
核实下载的序列分别是GenBank和Fasta格式

第3章 数据库查询和搜索 单元测验

1、 问题:tBLASTx分析是用核酸序列检索核酸序列数据库,下列说法正确的是?
选项:
A:核酸序列和核酸序列数据库都需要翻译成蛋白质序列
B:核酸序列和核酸序列数据库都不需要翻译成蛋白质序列
C:只有核酸序列需要翻译成蛋白质序列
D:只有核酸序列数据库需要翻译成蛋白质序列
答案: 【核酸序列和核酸序列数据库都需要翻译成蛋白质序列

2、 问题:要搜索编码蛋白质序列的核酸序列,适宜的分析方法是?
选项:
A:BLASTn
B:BLASTp
C:BLASTx
D:tBLASTn
E:tBLASTx
答案: 【BLASTx

3、 问题:BLAST与动态规划算法相比,下列哪些说法是正确的?
选项:
A:BLAST并不能确保能找到最优解
B:BLAST能够找到最优解
C:BLAST运行速度比动态规划算法快得多
D:BLAST与动态规划算法相比,其速度没有优势
答案: 【BLAST并不能确保能找到最优解;
BLAST运行速度比动态规划算法快得多

4、 问题:BLAST分析主要应用于哪些方面?
选项:
A:推断序列之间的功能关系
B:推断序列之间的进化关系
C:识别基因家族成员
D:构建系统发育树
答案: 【推断序列之间的功能关系;
推断序列之间的进化关系;
识别基因家族成员

5、 问题:数据库检索可选用 、 、 等逻辑词。
选项:
A:AND
B:OR
C:ELSE
D:NOT
答案: 【AND;
OR;
NOT

6、 问题:E值是目的序列被随机搜索出来的概率,该值约接近于0越好。
选项:
A:正确
B:错误

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