2022 生物信息计算(四川大学) 最新满分章节测试答案

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本课程起止时间为:2022-01-04到2022-02-28

生物医学信息知识库系统简介 第一章测试

1、 问题:下面哪一个选项是蛋白质结构相关数据库
选项：
A:SWISS-PROT
B:PROSITE
C:REBASE
D:PDB
答案: 【PDB】

2、 问题:下面哪个选项是蛋白质序列及相关数据库
选项：
A:PDB
B:UNIPROT
C:PRINTS
D:ENZYME
答案: 【UNIPROT;
PRINTS】

3、 问题:二元关系是通过subject（S）、Object（O）的二元组的形式来表示的
选项：
A:正确
B:错误
答案: 【错误】
分析：【二元关系是通过subject（S）、predicate（P）、Object（O）的三元组的形式来表示的】

4、 问题:语义之间的关系有哪三个
答案: 【is a, part of, regulates】

【作业】生物医学信息知识库系统简介 第一章单元作业

1、 问题:GO的结构和分类树的区别在于？
评分规则: 【 写出GO区别于分类树的特殊结构特性
】

2、 问题:GO图和树的区别在于
评分规则: 【 写出GO图区别于树的特殊性。影响理解或引起误解仅得10分，共3点
】

3、 问题:写出七步法的步骤
评分规则: 【 共7步，标明序号，影响理解或引起误解每步仅得2分
】

4、 问题:根据本体的详细程度和对领域知识的依赖程度，本体分为哪4类
评分规则: 【 写明中文或英文，每个2.5分
】

5、 问题:基因本体联合（GENE ONOTOLOGY CONSORTIUM）是为了什么建立的
评分规则: 【 影响理解或引起误解仅得5分
】

6、 问题:GO提供了3层结构的系统定义方式，它包括3个部分，分别是哪些？
评分规则: 【 中英文均可，每个3分
】

高性能计算与生物医药大数据 第二章测试

1、 问题:属于SMP代表机型的是
选项：
A:曙光一号
B:银河一号
C:银河三号
D:曙光100
答案: 【曙光一号】

2、 问题:属于加速比性能定律的是
选项：
A:Amdahl定律
B:Gustafson定律
C:Ni定律
D:Sun定律
答案: 【Amdahl定律;
Gustafson定律;
Ni定律;
Sun定律】

3、 问题:SMP系统属于“非一致性内存访问”方式
选项：
A:正确
B:错误
答案: 【错误】

4、 问题:并行系统的加速比是指
答案: 【并行比串行】

【作业】高性能计算与生物医药大数据 第二章作业

1、 问题:1、 在超级计算机技术的发展历程中，先后出现过多种超级计算机并行体系结构，主要有哪五种？ （20分）
评分规则: 【 ①并行向量处理(parallel vector processing，PVP)系统 ②对称式多处理(symmetric multi processing，SMP)系统 ③ 分布式共享内存(distributed shared memory，DSM)系统 ④ 大规模并行处理(massive parallel processing，MPP)系统。⑤ 机群式超级计算机系统每答出一点得4分，中英文皆可
】

2、 问题:写出并行向量处理（PVP）系统的工作原理，与一般的通用CPU有什么区别？
评分规则: 【 PVP采用一定数量的、并行运行的向量处理器和共享式内存(shared memory，SM)结构的计算机系统。PVP 系统的SM 结构，也就是采用高带宽的交叉开关将各个向量处理器与其共享的内存模块连接。向量处理器 (vector processor)的一条指令能够同时对多个数据项(向量矩阵)执行运算，而一般的通用CPU 属于标量处理器(scalar processor)，每次只能对一个数据项进行处理。答出原理10分，区别10分。
】

3、 问题:并行机性能的评测标准分为哪三大部分？
评分规则: 【 并行机性能评测标准主要分为三大部分：①机器级性能评测，CPU 和存储器的某些基本性能指标、并行和通信开销分析、并行机的可用性以及，机器成本、价格与性价比。②算法级性能评测，包括加速比、效率以及扩展性。③程序级性能评测，作为程序开发人员，我们最关注的并行机性能评测为算法级性能评测。其中包括加速比、效率以及扩展性。答出评测名称每点5分，详细解释每点8分。
】

4、 问题:在当前的基因组学研究中，对生物的全基因组序列进行分析主要包括哪5个步骤？
评分规则: 【 依次是全基因组从头测序、全基因组组装、全基因组重测序、序列比对、下游分析答出每点4分
】

5、 问题:为什么我们通常不使用线性加速比？
评分规则: 【 因为多个进程/线程总是会引入一些代价。例如，共享内存程序通常都有临界区，需要使用一些互斥机制，如互斥量。另外，随着进程/线程个数的增多，开销也会增大。更多的线程意味着更多的线程需要访问临界区，更多的进程意味着更多的数据需要跨网络传输。
】

【作业】健康云计算 第三章作业

1、 问题:云计算可以按需提供弹性资源，它由哪四部分组成，各部分的功能是什么？
评分规则: 【 云计算由核心服务、服务管理、安全策略以及用成户访问接口四部分组成。（5分）核心服务层将硬件基础设施、软件运行平台、应用程序表现为服务。（5分）服务管理和安全策略为核心服务提供支持，确保核心服务的稳定、安全运行。 （5分）用户访问接口实现端到云的访问。（5分）
】

2、 问题:应用即服务（SaaS）模式的特点是什么，SaaS层有哪四个功能。
评分规则: 【 特点：应用即服务(SaaS)是一种利用Internet 提供软件的模式。这种服务方式使用户不需要在终端上安装和运行应用程序，而是租用服务商运行在云计算基础设施上的应用程序，然后通过网络提供给用户使用。（4分）SaaS 层主要有以下4 个功能。(1)随时随地访问：在任何时候或者任何地点，只要接上网络，用户就能访问SaaS 服务。（4分）(2)支持公开协议：支持公开协议(如HTML4/5)，能够方便用户使用。（4分）(3)安全保障：SaaS 有一定的安全机制，保证存储在云端的用户数据的安全性，而且在客户端也实施一定的安全机制(如HTTPS)来保护用户。（4分）(4)多住户(multi-tenant)机制：多住户机制使SaaS 能支撑庞大的用户规模，而且能提供一定的可定制性以满足用户的特殊需求。（4分）
】

3、 问题:什么是GFS，他的优势是什么？
评分规则: 【 GFS是一个可扩展的分布式文件系统，可用于对大型、分布式的数据进行管理。（4分）GFS的优势在于：①由于文件的分块粒度大,GFS可以存取PB级的超大文件。②通过文件的分布式存储，GFS可并行读取文件，提供高I/O吞吐率；③GFS可以简化数据块副本间的数据同步问题；④文件块副本策略保证了文件的可靠性 （16分，每点4分）
】

4、 问题:基础设施即服务(IaaS)的7个基础功能是什么
评分规则: 【 以下七点每点4分：(1)资源抽象：资源抽象方法(如资源池)能更好更方便地调度和管理物理资源。(2)资源监控：监控资源以保证系统的高效率的运行。(3)负载管理：通过负载管理，使部署在基础设施上的应用能更好地应对突发情况，而且提高系统资源利用率。(4)数据管理：云平台对IaaS 基本的要求是保证数据的完整性、可靠性和可管理性。(5)资源部署：实现整个资源从创建到使用的流程自动化。(6)安全管理：主要是保证基础设施和其提供的资源能被合法地访问和使用。(7)计费管理：为用户提供按需计费的方式。
】

5、 问题:虚拟化技术是云计算系统的核心技术，它有何特点
评分规则: 【 特点：（每点4分）1) 资源分享。通过虚拟机封装用户各自的运行环境，有效实现多用户分享数据中心资源。(2) 资源定制。用户利用虚拟化技术，能够按需配置私有的服务器，指定所需的CPU 数目、内存容量、磁盘空间。(3) 细粒度资源管理。将物理服务器拆分成若干虚拟机，可以提高服务器的资源利用率，减少浪费，而且有助于服务器的负载均衡和节能。